小学5年生の四葉こころは少し不器用な優しい女の子。
「ものにはみんな魂がある」というおばあちゃんの教えを守り、以来物を大切に使うよう心がけている。
ある日、こころが3歳の時から使っている色鉛筆から、見習い神様「ここたま」の一人「ラキたま」が生まれるという不思議な現象が起こった。
ここたまは、人間に見つかってはいけないという決まりがあるが、ラキたまは生まれて早々こころに姿を見られてしまった。
それをきっかけに2人は「ヒミツのけいやく」を結ぶことになる。
そして次々と新しいここたまと出会い、こころの日常が変化していく。